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Au delà de l’aspect diplomatique, l’élan que les deux côtés tentent de préserver, répond à des préoccupations concrètes de sécurité : il s’agit en effet d’améliorer la connaissance réciproque pour, in-fine, éviter les malentendus porteurs de désastres, notamment dans le Détroit de Taiwan. Car en dépit des bonnes paroles échangées lors des visites officielles et des incontestables efforts d’ouverture de l’APL, c’est encore la méfiance qui dessine le fond de tableau des relations militaires entre Pékin et Washington : l’accumulation des missiles balistiques chinois face à Taiwan inquiète en effet les Américains. De même, Pékin observe avec beaucoup de crainte les projets de déploiement par le Pentagone d’un bouclier missiles en Asie du Nord-Est, qui couvrirait Taiwan et réduirait de beaucoup les capacités de pression militaires chinoises contre l’Ile.
Depuis la fin des années 80 les relations ont connu au moins cinq revers graves : Le premier d’entre eux fut, en 1995, le résultat de la colère chinoise, à la suite de l’invitation aux Etats-Unis par Washington du président taiwanais Lee Teng Hui. La deuxième crise eut lieu l’année suivante. Elle fut la conséquence des tirs de missiles inertes chinois contre Taiwan, à l’occasion de l’élection présidentielle à Taïwan.
1999, année fertile en catastrophes, fut d’abord marquée par la publication du « rapport Cox » du Congrès, accusant la Chine d’espionner les secrets nucléaires américains, puis par la destruction de l’ambassade chinoise à Belgrade par un missile de croisière de l’US Navy. Les dernières tensions sérieuses remontent au 1er avril 2001, date à laquelle un avion de reconnaisance EP-3 de l’US Navy, endommagé par la collision avec un chasseur chinois, fut contraint de se poser en catastrophe sur l’île chinoise de Hainan, où l’équipage américain fut retenu en ôtage pendant 11 jours.